上海市公安局（本部）设有指挥部、研究室、政治部、警务保障部、审计室、警务督察总队、应急联动中心、经济犯罪侦查总队、治安总队、刑事侦查总队、出入境管理局、交通警察总队、特警总队、法制总队、监所管理总队、科技处、网络安全保卫总队、港航公安局、城市轨道和公交总队、化学工业区分局、国际机场分局、警务航空队、人口管理办公室、农场分局、自由贸易试验区分局、数据处等内设机构，分别承担有关业务工作。